Skip to main content

Table 1 Informativeness (I_n) and allele frequency differences (δ) between seven continental regions for SNPs on the 41-AIM panel

From: Inference of human continental origin and admixture proportions using a highly discriminative ancestry informative 41-SNP panel

Continental regions: 1 = Africa, 2 = the Americas, 3 = Central/South Asia, 4 = East Asia, 5 = Europe, 6 = the Middle East, 7 = Oceania
SNP I_n 1-2 1-3 1-4 1-5 1-6 1-7 2-3 2-4 2-5 2-6 2-7 3-4 3-5 3-6 3-7 4-5 4-6 4-7 5-6 5-7 6-7
rs1834640 0.406 0.367 0.838 0.090 0.945 0.918 0.004 0.471 0.277 0.578 0.551 0.371 0.749 0.107 0.080 0.842 0.855 0.828 0.093 0.027 0.949 0.921
rs9809818* 0.364 0.811 0.355 0.822 0. 057 0.079 0.972 0.455 0.012 0.754 0.731 0.162 0.467 0.299 0.276 0.617 0.765 0.743 0.150 0.023 0.916 0.893
rs310644 0.352 0.909 0.741 0.925 0.899 0.812 0.063 0.168 0.016 0.010 0.097 0.846 0.184 0.158 0.071 0.678 0.026 0.114 0.862 0.087 0.836 0.749
rs1834619* 0.334 0.953 0.280 0.723 0.073 0.028 0.714 0.673 0.230 0.880 0.926 0.239 0.443 0.207 0.252 0.434 0.650 0.695 0.008 0.045 0.642 0.687
rs1572018* 0.320 0.930 0.718 0.340 0.877 0.724 0.036 0.212 0.590 0.053 0.206 0.894 0.378 0.159 0.006 0.682 0.537 0.384 0.304 0.153 0.841 0.688
rs7226659* 0.318 0.415 0.055 0.575 0.002 0.019 0.950 0.360 0.160 0.417 0.396 0.535 0.520 0.057 0.036 0.894 0.577 0.556 0.375 0.021 0.952 0.931
rs260714* 0.302 0.064 0.589 0.107 0.705 0.601 0.164 0.653 0.043 0.769 0.665 0.099 0.696 0. 116 0.012 0.752 0.812 0.708 0.056 0.104 0.868 0.764
rs4918664 0.287 0.855 0.285 0.869 0.147 0.038 0.174 0.569 0.014 0.708 0.816 0.681 0.583 0.138 0.247 0.111 0.722 0.830 0.695 0.109 0.027 0.136
rs4471745 0.284 0.097 0.003 0.023 0.050 0.104 0.869 0.094 0.120 0.048 0.006 0.967 0.025 0.047 0.101 0.872 0.072 0.126 0.847 0.054 0.919 0.973
rs11725412 0.272 0.704 0.047 0.432 0.186 0.243 0.421 0.751 0.272 0.890 0.947 0.284 0.479 0.138 0.196 0.468 0.617 0.675 0.011 0.058 0.606 0.664
rs3098610 0.271 0.761 0.328 0.849 0.265 0.399 0.980 0.433 0.088 0.496 0.362 0.219 0.521 0.063 0.071 0.652 0.584 0.450 0.131 0.134 0.715 0.581
rs4664511 0.268 0.568 0.143 0.502 0.043 0.090 0.833 0.424 0.066 0.611 0.658 0.266 0.358 0.187 0.233 0.690 0.545 0.591 0.332 0.047 0.877 0.923
rs10079352 0.267 0.975 .0540 0.957 0.459 0.312 0.419 0.434 0.017 0.516 0.662 0.556 0.417 0.082 0.228 0.121 0.499 0.645 0.539 0.146 0.040 0.107
rs2166624 0.262 0.977 0.323 0.430 0.383 0.224 0.000 0.654 0.546 0.594 0.753 0.977 0.108 0.060 0.099 0.323 0.047 0.206 0.430 0.159 0.383 0.224
rs12498138 0.247 0.906 0.070 0.090 0.060 0.040 0.089 0.836 0.817 0.846 0.866 0.817 0.020 0.010 0.030 0.019 0.029 0.050 0.000 0.020 0.029 0.049
rs7251928 0.245 0.966 0.778 0.942 0.741 0.662 0.787 0.188 0.024 0.225 0.304 0.179 0.164 0.037 0.116 0.009 0.201 0.280 0.155 0.079 0.046 0.125
rs6990312 0.244 0.457 0.516 0.787 0.621 0.505 0.166 0.060 0.330 0.164 0.048 0.623 0.271 0.104 0.012 0.683 0.166 0.282 0.953 0.116 0.787 0.671
rs3823159 0.242 0.477 0.859 0.745 0.904 0.815 0.371 0.382 0.268 0.427 0.338 0.106 0.114 0.044 0.045 0.488 0.158 0.070 0.374 0.089 0.533 0.444
rs2024566 0.236 0.903 0.257 0.012 0.218 0.239 0.056 0.647 0.891 0.685 0.664 0.959 0.245 0.039 0.017 0.312 0.206 0.228 0.067 0.022 0.273 0.295
rs7722456 0.235 0.362 0.268 0.351 0.175 0.178 0.569 0.094 0.011 0.187 0.184 0.931 0.084 0.093 0.089 0.836 0.176 0.173 0.920 0.003 0.744 0.747
rs9880567 0.232 0.567 0.326 0.441 0.307 0.353 0.402 0.241 0.126 0.260 0.214 0.969 0.115 0.019 0.027 0.728 0.134 0.088 0.843 0.046 0.709 0.755
rs842639 0.231 0.706 0.340 0.603 0.014 0.062 0.674 0.366 0.103 0.692 0.768 0.032 0.263 0.326 0.402 0.334 0.589 0.665 0.071 0.076 0.660 0.735
rs10497191 0.230 0.883 0.858 0.893 0.822 0.768 0.889 0.024 0.010 0.061 0.115 0.007 0.035 0.037 0.091 0.031 0.072 0.126 0.004 0.054 0.068 0.122
rs734241 0.227 0.899 0.211 0.311 0.003 0.035 0.464 0.688 0.589 0.896 0.864 0.435 0.100 0.208 0.176 0.253 0.308 0.276 0.153 0.032 0.461 0.429
rs735480* 0.224 0.459 0.755 0.597 0.895 0.815 0.205 0.296 0.138 0.436 0.356 0.255 0.158 0.140 0.060 0.551 0.298 0.218 0.393 0.080 0.691 0.611
rs2593595 0.218 0.615 0.688 0.805 0.753 0.683 0.990 0.073 0.189 0.138 0.068 0.375 0.117 0.065 0.004 0.303 0.052 0.121 0.186 0.069 0.237 0.307
rs2717329 0.213 0.762 0.603 0.710 0.759 0.520 0.980 0.159 0.052 0.003 0.241 0.219 0.107 0.156 0.083 0.378 0.049 0.189 0.271 0.239 0.222 0.460
rs10961366* 0.213 0.019 0.254 0.023 0.254 0.278 0.623 0.235 0.042 0.235 0.259 0.642 0.277 0.000 0.024 0.876 0.277 0.301 0.600 0.024 0.877 0.900
rs1557553 0.207 0.887 0.080 0.273 0.085 0.045 0.195 0.806 0.614 0.802 0.842 0.692 0.193 0.004 0.036 0.114 0.188 0.228 0.078 0.040 0.110 0.150
rs4741658* 0.202 0.742 0.458 0.774 0.225 0.117 0.630 0.285 0.032 0.518 0.626 0.113 0.317 0.233 0.341 0.172 0.549 0.658 0.144 0.108 0.405 0.513
rs2196051 0.202 0.012 0.228 0.002 0.645 0.493 0.020 0.216 0.014 0.633 0.481 0.031 0.230 0.417 0.265 0.248 0.647 0.495 0.018 0.152 0.665 0.512
rs6737672 0.199 0.977 0.585 0.620 0.516 0.561 0.321 0.392 0.357 0.461 0.415 0.655 0.035 0.069 0.024 0.264 0.104 0.059 0.299 0.046 0.194 0.240
rs10877030 0.185 0.472 0.082 0.231 0.197 0.318 0.460 0.390 0.241 0.669 0.790 0.012 0.149 0.279 0.400 0.378 0.428 0.549 0.229 0.122 0.657 0.779
rs7837234 0.162 0.113 0.003 0.271 0.039 0.044 0.619 0.110 0.158 0.152 0.069 0.732 0.268 0.042 0.041 0.622 0.310 0.227 0.890 0.083 0.580 0.663
rs4907251 0.157 0.843 0.550 0.528 0.205 0.242 0.475 0.292 0.315 0.638 0.600 0.367 0.023 0.346 0.308 0.075 0.323 0.286 0.052 0.038 0.271 0.233
rs1863086 0.149 0.658 0.133 0.214 0.255 0.116 0.310 0.525 0.872 0.403 0.542 0.348 0.347 0.122 0.017 0.177 0.469 0.330 0.524 0.139 0.055 0.194
rs310362* 0.147 0.763 0.476 0.533 0.627 0.279 0.751 0.287 0.229 0.136 0.484 0.011 0.058 0.151 0.197 0.276 0.094 0.255 0.218 0.349 0.124 0.473
rs4705360 0.139 0.701 0.300 0.397 0.047 0.011 0.419 0.401 0.304 0.654 0.712 0.282 0.097 0.253 0.312 0.119 0.350 0.409 0.021 0.058 0.372 0.430
rs4833103 0.110 0.016 0.038 0.009 0.449 0.104 0.000 0.022 0.007 0.434 0.089 0.016 0.029 0.412 0.067 0.038 0.441 0.096 0.009 0.345 0.449 0.104
rs359955* 0.090 0.455 0.533 0.613 0.639 0.298 0.410 0.078 0.158 0.183 0.157 0.046 0.080 0.106 0.235 0.124 0.026 0.315 0.204 0.341 0.229 0.111
rs12878166 0.078 0.137 0.220 0.413 0.098 0.259 0.038 0.356 0.549 0.039 0.396 0.174 0.193 0.317 0.039 0.182 0.510 0.154 0.375 0.356 0.135 0.221
  1. *Not on the 31-AIM panel.